Le bassin versant de la Basse Vallée du Couesnon correspond à la partie avale du bv du Couesnon. Son territoire comprend le Chênelais, le Tronçon, la Guerge, la Besnerie, les Marais ainsi que la partie avale du Couesnon qui contient notamment les polders.
Voir carte ci-dessous
Les principaux enjeux identifiés sont l'amélioration de la qualité de l'eau (nitrates, matières organiques, pesticides, phosphore) et des milieux aquatiques (qualité physique du lit, des berges et des zones humides associées, continuité écologique ...).
Les taux de nitrates sont particulièrement élevés sur les bassins versants du Tronçon et de la Guerge. La zone des polders est plutôt concernée par des forts taux de phosphore et de pesticides dans les eaux.
La qualité des milieux aquatiques est considérée comme un enjeu important notamment pour des problèmes de morphologie et de continuité écologique.