Le Couesnon prend sa source au lieu-dit le bois joli en Mayenne, département qu'il ne visite que seulement sur trois kilomètres de ses 115 km de longueur, pour se jeter dans la baie du Mont-Saint-Michel.
Le bassin versant du Couesnon bénéficie d'un climat de type océanique, dont les caractéristiques sont fortement liées aux influences maritimes. Le climat doux (moyenne d'environ 11°C) aux amplitudes thermiques moyennes (moyenne max 18.8°C – moyenne mini 4.7°C) ne génère que peu de phénomènes extrêmes (gel, neige, orages exceptionnels). Les débits des cours d'eau sont donc très largement tributaires de la pluviométrie directe.
La faible perméabilité du sous sol et la forte pluviométrie de la région ont conduit à la formation d'un réseau hydrographique très dense.
Les principaux affluents du Couesnon sont :
En rive droite :
Voir carte ci-dessous
Dans le cadre de la Directive Cadre européenne sur l'Eau, le bassin versant du Couesnon a été divisé en plusieurs sous bassins versants aussi appelés masses d'eau. Chaque masses d'eau, délimité par des lignes de crête, contribue à l'alimentation du Couesnon et in fine la baie du Mont-Saint-Michel.
Le Couesnon, découpé en trois masses d'eau (le Couesnon 1, le Couesnon 2 et le Couesnon 3), le Nançon, la Minette, la Loisance, la Tamoute, le Tronçon, la Guerche et le Chênelais.
L'Aleron, La Besnerie, l'Everre, le Général, le Laurier, le Moulin de la Charrière, le Muez et la Vallée d'Hervé.
C'est à l'échelle de ces masses d'eau que la France devra rendre des comptes à l'Europe en 2015 vis à vis de l'objectif de bon état des cours d'eau imposé par la Directive Cadre européenne sur l'Eau.
Voir carte ci-dessous