Le bassin versant du Haut Couesnon correspond à la partie amont du bassin versant du Couesnon. Son territoire démarre en effet à la source du Couesnon, située à la Pellerine (Mayenne) et va jusqu'au Moulin aux Moines (commune de Mézières sur Couesnon). Ainsi depuis Landéan, la Chapelle-Janson ou Luitré, toutes les eaux convergent vers un seul point, et alimentent notamment la prise d'eau potable de Mézières sur Couesnon.
Voir carte ci-dessous
Les principaux enjeux identifiés sont l'amélioration de la qualité de l'eau notamment pour l'eau potable (nitrates, matières organiques, pesticides,..) et des milieux aquatiques (qualité physique du lit, des berges et des zones humides associées, continuité écologique,…)
L'usine d'eau de Mézières sur Couesnon produit de l'eau potable pour 5 à 6 % de la population d'Ille et Vilaine (2 800 000 m3/an). Il est donc important que l'eau du Couesnon soit la moins polluée possible, afin de limiter les traitements pour la rendre potable.
Les problèmes de qualité de l'eau sont liés à des forts taux de nitrates, de pesticides et de matière organique. Cependant l'accent est mis aujourd'hui sur les nitrates car le Couesnon reste à des valeurs élevées (moyenne autour de 40 mg/l, avec des pointes annuelles à 49 mg/l - rappel : limite de qualité fixée à 50 mg/l).
Sur le Haut Couesnon, la qualité des milieux aquatiques est considérée comme un enjeu important. Leur bon état améliore en effet le fonctionnement hydrologique des cours d'eau, permettant la présence d'une faune et d'une flore diversifiée, ou encore une meilleure épuration naturelle de l'eau.