Ce territoire de 546 km2 regroupe les sous bassins historiques du Moyen Couesnon et de la Basse Vallée du Couesnon. Il comprend les masses d’eau du Couesnon 3, d’une partie du Couesnon 2, de l’Aleron, de la Vallée d’Hervée, du Laurier, de la Tamoute, du Chênelais, du Tronçon, de la Guerge, de la Besnerie et du Marais. Le linéaire total de cours d’eau est d’environ 755 km. Il accueille environ 23 000 habitants et les principales activités économiques présentes sont l'agriculture et l'industrie agro-alimentaire. Une zone maraichère est présente au nord sur les polders de la baie du Mont-Saint-Michel.
Les deux principaux enjeux sont l'amélioration de la qualité de l'eau pour l'alimentation en eau potable et l'atteinte du bon état écologique sauf pour la masse d’eau du Chênelais qui est qualifiée en bon état depuis 2015. Les autres masses d’eau sont actuellement en état écologique moyen sauf la Besnerie dont l’état est qualifié de mauvais.
Une seule prise d’eau pour la production d’eau potable est présente sur ce sous bassin (Prélèvment dans le Couesnon au lieu dit Villaloups à Antrain). Elle ne fait pas l’objet de classement captage prioritaire mais une attention particulière doit être portée sur la présence de pesticides dans l’eau prélevée.
La problématique de la pollution des eaux par les nitrates est présente sur les masses d’eau du Tronçon, de la Guerge, de la Besnerie et dans une moindre mesure sur celle de la Tamoute. A noter que le cours d’eau du Loison est également pollué par les nitrates .
L’ensemble des masses d’eau présentent des taux de pesticides importants dans les eaux. Le secteur le plus touché reste la zone des polders de l’ouest. Des concentrations élevées en phosphore sur les polders restent encore aujourd’hui inexpliquées.
De nombreux cours d’eau et zones humides ont été altérés notamment durant les années 60 à 90. De nombreux ouvrages notamment de moulins segmentent les cours d’eau et pose des problèmes de continuité écologique. Les habitats ont disparu et la biodiversité est aujourd’hui à reconstituer.
La protection et la restauration du bocage est également un enjeu important sur le sous bassin pour limiter les transferts de polluants agricoles vers les milieux aquatiques.
Les collectivités territoriales du territoire mènent des actions depuis près de 20 ans. Un CTLP (Contrat Territorial volet Lutte contre les Pollutions) est en place depuis 2018 et est porté par le Syndicat Mixte du SAGE Couesnon. Le volet milieux aquatiques (CTMA) est porté par le Syndicat Mixte du Couesnon Aval . Les volets bocage sont qu’en à eux portés par les EPCI du territoire (Dol Baie du Mont-Saint-Michel, Mont-Saint-Michel Normandie, Couesnon Marches de Bretagne, Val d’Ille Aubigné) et par le Syndicat du Linon. La coordination du contrat est assurée par le Syndicat Mixte du SAGE Couesnon.