Le sous bassin versant du Haut Couesnon correspond à la partie amont du bassin versant du Couesnon. Ce territoire de 379 km2 comprend les masses d’eau du Couesnon 1, une partie du Couesnon 2, le Nançon, le Moulin Charrière, l’Everre, le Muez et le Général. Le linéaire total de cours d’eau est estimé à environ 598 km. Avec les 20 000 habitants de la commune de Fougères, la population de ce bassin atteint environ 41 000 habitants. Quelques industries sont présentes notamment autour de Fougères, ailleurs c’est l’activité agricole qui domine.
Les deux principaux enjeux sont l'amélioration de la qualité de l'eau pour l'alimentation en eau potable et l'atteinte du bon état écologique en 2021. L’ensemble des masses d’eau du Haut Couesnon sont actuellement en état écologique moyen sauf l’Everre dont l’état est qualifié de très mauvais.
Deux prises d’eau font l’objet d’un classement en captage prioritaire en raison d’une problématique de pollution aux nitrates . Il s’agit de la prise d’eau sur le Couesnon à Mézières sur Couesnon qui permet d’alimenter en eau potable l’agglomération rennaise et du captage souterrain de la Couyère près de Fougères qui alimente les habitants locaux.
La prise d’eau de Mézières sur Couesnon est également classée en captage prioritaire pour une problématique de pollution aux pesticides. Située à l’exutoire du sous bassin, cela concerne donc l’ensemble de Haut Couesnon.
De nombreux cours d’eau et zones humides ont été altérés notamment durant les années 60 à 90. De nombreux ouvrages notamment de moulins segmentent les cours d’eau et pose des problèmes de continuité écologique. Les habitats ont disparu et la biodiversité est aujourd’hui à reconstituer.
La protection et la restauration du bocage est également un enjeu important sur le sous bassin pour limiter les transferts de polluants agricoles vers les milieux aquatiques.
Les collectivités territoriales du territoire mènent des actions depuis près de 20 ans. Le nom et le contenu de ces différents programmes ont évolué au cours des années. Les programmes BEP (Bretagne Eau Pure) avaient pour principal objectif de restaurer une eau de qualité pour les besoins d’alimentation en eau potable. Aujourd’hui, les objectifs des CTLP (Contrat Territorial volet Lutte contre les Pollutions) vont au-delà de l’enjeu eau potable et visent l’atteinte du bon état écologique des masses d’eau.
L’actuel volet lutte contre les pollutions du contrat territorial (CTLP) est porté par la CEBR (Collectivité Eau du Bassin Rennais). Le volet milieux aquatiques (CTMA) et le volet bocage sont portés par Fougères Agglomération. La coordination du contrat est également assurée par Fougères Agglomération.