Le bassin versant du Moyen Couesnon correspond à la partie moyenne du bassin versant du Couesnon. Son territoire comprend la Tamoute, une partie du Couesnon de Vieux-Vy-sur-Couesnon à Antrain, ainsi que trois petits affluents rives gauche du Couesnon, l'Aleron, la Vallée d'Hervé et le Laurier. Toutes les eaux de ce bassin versant convergent notamment vers la prise d'eau potable des Villaloups d'Antrain.
Voir carte ci-dessous
Les principaux enjeux identifiés sont l'amélioration de la qualité de l'eau (nitrates, matières organiques, pesticides, phosphore) et des milieux aquatiques (qualité physique du lit, des berges et des zones humides associées, continuité écologique ...).
Les taux de nitrates sont particulièrement élevés sur le bassin versant de la Tamoute, ainsi qu'à la prise d'eau des Villaloups à Antrain sur le Couesnon qui doit notamment faire l'objet d'un plan de gestion pour résoudre ce problème.
La qualité des milieux aquatiques est considérée comme un enjeu important notamment sur la Tamoute pour des problèmes de recalibrage intense et sur le Couesnon pour des problèmes de continuité écologique.