L'assainissement des eaux usées est essentielle pour abattre les pollutions avant restitution dans le milieu naturel.
Le parc épuratoire du bv du Couesnon est constitué de 50 stations d'épuration dont 44 ont un dimensionnement inférieur à 2000 EH. Les stations les plus importantes sont situées sur les communes de Fougères (65 000 EH) et d'Antrain (13 500 EH).
Les filières de traitement présentes sont généralement de type "lagunage" (65 %) pour les petites structures et de type "boues activées" pour les plus grandes. Les rendements et performances des stations du bv du Couesnon sont globalement bons.
Selon le Code Général des Collectivités Territoriales, les collectivités, dont une partie des habitations ne sont pas reliées à un dispositif collectif d'assainissement (« tout à l'égout »), doivent mettre en place un SPANC.
Le SPANC contrôle les installations d'assainissement des nouvelles contruction mais aussi des maisons existantes. La vérification porte sur la conformité du dispositif, mais aussi sur son entretien et son bon fonctionnement.
Pour l'assainissement existant, il établit le diagnostic de l'existant puis contrôle tous les 4 ans le bon fonctionnement et l'entretien. Pour l'assainissement à créer ou à réhabiliter, il vérifie l'étude de conception de la filière proposée par le bureau d'études et contrôle la réalisation des travaux avant recouvrement.