La restauration des cours d’eau et des zones humides est un enjeu important sur le bassin du Couesnon pour atteindre les objectifs de bon état écologique des masses d’eau.
Regroupés en syndicats de bassin versant, les communes du territoire portent depuis plus de 15 ans des programmes d’actions de restauration des milieux aquatiques. Les premiers programmes de travaux appelés Contrats Restauration Entretien (CRE) puis Contrats Territoriaux Milieux Aquatiques (CTMA), ont été mis en œuvre dès 2003 sur le bassin versant Loisance Minette puis en 2005 sur le Haut Couesnon et le Couesnon Aval .
Le programme pluriannuel de travaux est élaboré en fonction des altérations observés sur les cours d’eau lors du diagnostic de terrain et des capacités financières des collectivités. Les travaux proposés sont très divers et nécessitent dans tous les cas l’acceptation des propriétaires concernés. Il s’agit par exemple de :
Ces actions de restauration composent le volet milieux aquatique des contrats territoriaux (outil privilégié pour mobiliser des financements dédiés à l'amélioration des milieux aquatiques et à la lutte contre les pollutions diffuses).
Aujourd’hui attribuée aux EPCI, cette compétence est directement portée par Fougères Agglomération sur le bassin versant du Haut Couesnon. Sur le Couesnon Aval et la Loisance Minette, ce sont toujours les syndicats de bassin versant qui portent ces actions.
Ces travaux sont subventionnés par l’Agence de l’Eau Loire Bretagne, les Régions Bretagne et Normandie et les départements d’Ille et Vilaine et de la Manche.