Ce milieu remarquable concerné par de nombreux classements (Natura 2000, patrimoine mondial de l'UNESCO …) est le réceptacle de cinq bassins versants (Côtiers granvillais, Sélune, Sée, Côtiers du pays de Dol et Couesnon). Une protection efficace de la baie passe nécessairement par une gestion rigoureuse et concertée de l'eau.
Les enjeux en baie du Mont-Saint-Michel sont :
La cohérence des actions menées à l'échelle de la Baie ne sera obtenue qu'à l'issue d'une concertation entre les différents acteurs de la Baie.
Les bv de la baie du Mont-Saint-Michel se trouvant à cheval sur deux Agences de l'Eau, une commission est chargée d'assurer l'harmonisation et la cohérence des objectifs et des moyens visant à protéger ce milieu.