La continuité écologique est un enjeu important sur le bassin versant du Couesnon notamment pour les grands migrateurs tel que le saumon atlantique.
Les ouvrages transversaux aménagés dans le lit des cours d'eau ont des effets cumulés très importants sur l'état et le fonctionnement des milieux aquatiques entrainant une certaine baisse de la biodiversité. Ces ouvrages font notamment obstacle d'une part :
mais aussi et surtout :
La LEMA du 30 décembre 2006 a donc renforcé la réglementation en distinguant des nouvelles catégories de classement au titre de l'article L.214-17 du code l'environnement.
Voir carte ci-dessous
Le SDAGE Loire Bretagne mais aussi le Grennelle de l'environnement insistent frortement sur le rétablissement des possibilités de circulation (montaison et dévalaison) des organismes aquatiques à des échelles spatiales compatibles avec leur cycle de développement et de survie durable dans l'écosystème. Une liste de 17 ouvrages sont considérés comme prioriaire par le Grenelle de l'environnement sur le bv du Couesnon.
Le bassin versant du Couesnon présente des potentialités importantes pour les grands migrateurs (saumon, truite de mer, lamproie, alose, anguille). C'est d'ailleurs le dernier bassin à acceuillir du saumon atlantique en Ille et Vilaine.
Les saumons colonisent actuellement le Couesnon, la Loisance, le Tronçon, la Minette et la Tamoute. Cependant on observe plusieurs ouvrages qui limitent sa progression sur l'amont de ces cours d'eau.
Voir carte ci-dessous
Le SAGE doit évaluer les possibilités de franchissement de chaque ouvrage par les différentes espèces de poissons migrateurs amphihalins et élaborer un plan d'action pour améliorer la circulation des espèces.