Les enjeux correspondant à la qualité de l'eau sur le bassin versant du Couesnon sont d'atteindre le bon état de la Directive Cadre sur l'Eau et améliorer la qualité des eaux brutes pour satisfaire l'usage en eau potable
Le diagnostic montre en effet que l'ensemble des paramètres physico-chimiques sont à traiter dans le cadre du SAGE Couesnon. Les paramètres nitrate, matière organique, pesticide et dans une moindre mesure le paramètre phosphore sont à considérer pour atteindre les objectifs de la Directive Cadre sur l'Eau. En fonction de la qualité de l'eau observée sur le bassin versant, des pressions, des usages à satisfaire et des marges de manœuvre existantes pour le SAGE, des champs d'action possibles vont être envisagés dans le cadre de la phase scénarios.