Sur le bassin versant du Couesnon, de nombreux cours d'eau ont été profondément remaniés par l'Homme : rectification du cours (recoupement des méandres), recalibrage (augmentation de la capacité du lit en modifiant sa profondeur et sa largeur) et canalisation (bétonnage des berges).

Ces aménagements répondaient souvent à des objectifs légitimes : protéger des inondations les terres cultivables et les habitations, lutter contre l'érosion des berges, faciliter la navigation fluviale et créer des bases de loisirs.

Mais ils ont longtemps été conduits dans l'ignorance des fonctionnements hydrologique et écologique des systèmes fluviaux, dont la compréhension repose aujourd'hui pour l'essentiel sur des résultats obtenus au cours des deux dernières décennies.

Or, ces aménagements modifient de façon durable les composantes physiques des cours d'eau : pente, profondeur, vitesse du courant, forme des berges. Ils ont donc des répercussions sur le fonctionnement des écosystèmes qui ne sont pas toujours prévisibles à long terme. En général ils induisent une diminution de la diversité naturelle des habitats et des espèces présentes. En outre, l'enfoncement du lit mineur d'un cours d'eau abaisse le niveau de la nappe phréatique, ce qui nuit aux zones humides environnantes. Les zones humides ainsi drainées laissent des cours d'eau secs en été. En aval, les crues sont plus intenses et soudaines.

Voir dossier de la lettre n°2 du SAGE ci-dessous

Cette qualité physique des cours d'eau, aussi appelée « hydro-morphologie » est l'un des enjeux les plus importants pour répondre au objectif de la DCE à savoir l'atteinte du bon état écologique des cours d'eau dès 2015.

Cette dynamique d'écoulement (« hydrologie ») et de structure (« morphologie ») est à reconquérir pour l'ensemble des masses d'eau du bassin sauf celles du Chênelais, du Tronçon et du Moulin de la Charrière dont les cours d'eau sont moins affectés.

Voir carte ci-dessous

C'est pourquoi de nombreux programmes de restauration (Contrat Restauration Entretien) des cours d'eau sont menés sur les quatre sous bassins versants (voir rubrique « Les actions - La restauration des milieux aquatiques »).