L'eau est utilisée quotidiennement pour satisfaire nos besoins domestiques (hygiène, nourriture ...), industriels (lavage, fabrication ...), agricoles (bétail, lavage ...) et urbains (voiries, espaces verts ...). La mauvaise qualité des eaux brutes ainsi que l'obligation ne pas compromettre la vie piscicole durant les périodes d'étiage peuvent poser des problème d'alimentation sur le bassin du Couesnon.
Les prélèvements annuels internes en eau sur le bassin versant du Couesnon sont de l'ordre de 15,3 millions de m3. Environ 12,4 millions de m3 subissent un traitement de potabilisation assuré en majeure partie dans les quinze usines d'eau potables du bassin versant du Couesnon. 7 Mm3 sont exportés pour l'alimentation en eau potable de l'agglomération rennaise. La ressource en eau potable n'étant pas également répartie sur le bassin versant, 1,2 millions de m3 doivent être importés par an.
Les problèmes de qualité des eaux brutes pèsent sur le volume de ressource disponible. Cette situation s'est traduite par la fermeture effective en janvier 2009 du captage de Quincampoix sur le ruisseau des Echelles et de celui de la Papance en forêt de Villecartier en raison de la mauvaise qualité des eaux.
Il doit également être assuré des débits minimum dans les cours d'eau afin de garantir le bon déroulement des cycles biologiques des espèces aquatiques.
Actuellement de nombreux transferts d'eau et d'interconnexions provenant de l'extérieur du bassin versant ou à l'intérieur même de celui-ci sont mis en place pour remédier aux problèmes de répartition et d'alimentation en période de pointe.
Face à cette problèmatique toutes les actions visant à améliorer la qualité de l'eau et à favoriser les économies d'eau doivent être encouragées pour garantir un approvisionnement durable en eau potable sur le bassin versant.